# Clinical application value of detecting the mutation load of the FLT3-ITD gene before allogeneic hematopoietic stem cell transplantation using PCR-NGS technology

## TL;DR

This study shows that PCR-NGS can detect FLT3-ITD mutations more accurately than traditional methods, improving predictions of transplant outcomes in leukemia patients.

## Contribution

A novel PCR-NGS method for detecting FLT3-ITD mutations with high sensitivity is developed and validated for clinical use.

## Key findings

- PCR-NGS detected FLT3-ITD mutations in 25 patients where qPCR was negative.
- Higher mutation load (VAF ≥0.1%) correlated with increased relapse rates and lower survival rates.
- PCR-NGS detected mutations more accurately than qPCR, improving outcome predictions.

## Abstract

建立基于二代测序技术的聚合酶链反应（PCR-NGS）检测FMS样酪氨酸激酶3（FLT3）基因内部串联重复（ITD）突变的方法学，初步探索PCR-NGS检测急性白血病（AL）异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）前FLT3-ITD的临床应用价值。

建立PCR-NGS检测FLT3-ITD基因突变负荷方法。PCR-NGS法检测2021年1月至2024年6月在上海交通大学医学院附属瑞金医院血液科进行allo-HSCT的65例伴有FLT3-ITD突变AL患者移植前骨髓样本，检测结果与传统定量PCR（qPCR）方法进行比较，并进行生存分析。

成功建立PCR-NGS检测FLT3-ITD基因突变方法，灵敏度达10−6，线性响应范围为10−1～10−5。63例移植前形态学缓解患者中，58例患者qPCR法检测FLT3-ITD基因突变为阴性，其中25例PCR-NGS法检测阳性［变异等位基因频率（VAF）中位值为0.629％（0.004％～26.350％）］。移植前FLT3-ITD基因突变VAF<0.1％组和≥0.1％组的2年累积复发率分别为11.2％和30.6％（HR＝3.159，95％CI：0.950～10.510，P＝0.048），2年无事件生存率分别为86.2％和64.5％（HR＝2.846，95％CI：0.953～8.500，P＝0.050）。PCR-NGS/qPCR均阴性、PCR-NGS阳性/qPCR阴性和PCR-NGS/qPCR均阳性组的2年累积复发率分别为12.5％、26.2％和28.6％（HR＝2.892，95％CI：1.122～7.451，P＝0.032），2年无事件生存率分别为84.4％、73.8％和57.1％（HR＝1.784；95％CI：0.880～3.615，P＝0.248）。移植后使用FLT3抑制剂是降低移植后复发率和延长总生存期的保护性因素。

成功建立PCR-NGS技术检测FLT3-ITD基因突变负荷方法。与传统qPCR检测技术相比，allo-HSCT前PCR-NGS检测FLT3-ITD突变负荷能更准确预测移植结局。