Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 δ sublineages of the second wave of 2021 in Antioquia, Colombia

TL;DR

This study analyzed the genetic diversity and prevalence of SARS-CoV-2 delta sublineages in Antioquia, Colombia, during 2021, finding that AY.25 was the most common and potentially more transmissible.

Contribution

The study identifies AY.25 as the dominant delta sublineage in Antioquia, linking its prevalence to specific mutations associated with increased transmissibility.

Findings

AY.25 was the most prevalent delta sublineage in Antioquia during the study period.

AY.25 contains mutations L452R and P681R, which are linked to higher transmissibility and immune evasion.

The study suggests AY.25 has a transmission advantage over other delta sublineages.

Abstract

Durante el desarrollo de la pandemia por SARS-CoV-2 en Antioquia se presentaron picos epidemiológicos relacionados con las variantes α, ɣ, β, μ, ƛ y δ, donde δ tuvo la mayor incidencia y prevalencia. Este linaje se considera una variante de preocupación dadas las manifestaciones clínicas que desencadena y sus características epidemiológicas. Se han informado 253 sublinajes δ en la base de datos PANGOLIN. La identificación de estos sublinajes mediante análisis genómico ha permitido rastrear su evolución y propagación.

Caracterizar la diversidad genética de los diferentes sublinajes δ de SARSCoV-2 en Antioquia y determinar su prevalencia.

Se recopiló información sociodemográfica de 2.675 muestras y de 1.115 genomas del repositorio GISAID entre el 12 de julio de 2021 y el 18 de enero de 2022. Se seleccionaron 501 por su alto porcentaje de cobertura (>90 %) para realizar análisis filogenéticos e inferencia de frecuencias alélicas de mutaciones de interés.

Se caracterizaron 24 sublinajes donde el más prevalente fue AY.25. En este sublinaje se identificaron mutaciones de interés como L452R, P681R y P681H, que comprendían una frecuencia cercana a 0,99.

Este estudio permitió identificar que el sublinaje AY.25 tiene una ventaja de transmisión en comparación con los otros sublinajes δ. Esto puede estar relacionado con la presencia de las mutaciones L452R y P681R que en otros estudios se han visto asociadas con una mayor transmisibilidad, evasión del sistema inmunitario y menor eficacia de los medicamentos contra SARS-CoV-2.

Figures