# Contribution of qPCR to the diagnosis of cervico-vaginal infections at the Hôpital Principal de Dakar, Senegal

## TL;DR

This study evaluated the effectiveness of qPCR for diagnosing cervico-vaginal infections in Senegal, finding it particularly useful for detecting Streptococcus agalactiae.

## Contribution

The study demonstrates the potential of qPCR as a diagnostic tool for specific cervico-vaginal pathogens in a clinical setting in Senegal.

## Key findings

- qPCR was more advantageous than culture for diagnosing Streptococcus agalactiae.
- Candida albicans and Ureaplasma urealyticum were the most common pathogens identified.
- Cervical infections with Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae had low prevalence.

## Abstract

Déterminer l’étiologie des infections cervico-vaginales par la cytobactériologie et l'efficacité de la qPCR pour le diagnostic des souches sensibles telles que Streptococcus agalactiae, Borrelia crocidurae, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae et Treponema pallidum.

Étude prospective transversale effectuée entre janvier et septembre 2021 chez 346 femmes reçues à l'Hôpital Principal de Dakar pour une infection cervico-vaginale. Des analyses cytobactériologiques et moléculaires ont été réalisées.

Les déséquilibres de la flore vaginale ont été prédominants, avec un taux de 72,3 %. La proportion des flores vaginales de type IV a été de 46,5 %. Sur les 199 germes isolés, Candida albicans (25,1 %), Ureaplasma urealyticum (17,6 %), S. agalactiae (7,8 %), Gardnerella vaginalis (6,6 %) et Candida non-albicans (5,5 %) ont été les principaux pathogènes responsables des infections cervico-vaginales chez les patientes. Chez les femmes concernées par une recherche de mycoplasmes, U. urealyticum a été identifié chez 43,3 % des patientes. Chez celles qui étaient concernées par une recherche de C. trachomatis, la proportion de femmes infectées a été faible (4 %). Les différentes méthodes ayant montré de faibles prévalences de C. trachomatis et de N. gonorrhoeae, les comparaisons Test RapidChlamydia/qPCR pour C. trachomatis et culture/qPCR pour N. gonorrhoeae n'ont pas été possibles. Par contre, pour S. agalactiae, la qPCR a été plus avantageuse que la culture. Les isolats de S. agalactiae et d'entérobactéries présentaient successivement une résistance élevée à l'acide nalidixique et à l'ampicilline.

Les méthodes appliquées ont permis d'identifier les pathogènes qui sont à l'origine des infections cervico-vaginales. Les résultats suggèrent que la qPCR peut être une alternative au moins pour le diagnostic de S. agalactiae. Cependant la culture reste indispensable pour étudier la sensibilité aux antibiotiques. Dans un souci d'amélioration de la prise en charge des patientes, les techniques moléculaires doivent être intégrées dans la panoplie des tests à l'Hôpital Principal de Dakar (HPD).