Effects of upstream laboratory processes on the digitization of histological slides

TL;DR

This paper investigates how lab processes affect the quality and data size of digitized histology slides.

Contribution

The study provides empirical evidence on how lab process changes reduce contamination and scanning time.

Findings

Reducing contamination through lab process changes significantly lowers data size and scan time.

Using foil instead of glass as a cover material reduces process errors.

These improvements lead to estimated cost savings.

Abstract

Viele Faktoren der Objektträger(OT)-Herstellung haben Einfluss auf Qualität und Datenmenge eines digitalisierten histologischen Schnittpräparates. Insbesondere die Reduktion von Verunreinigung sowie Auswahl des geeigneten Eindeckmaterials haben das Potenzial, Scanzeit und Datenmenge zu reduzieren.

Das Ziel dieser Arbeit ist die Objektivierung von Beobachtungen aus dem Prozess der Digitalisierung unseres Institutes, um den Einfluss von Laborprozessen auf die Qualität digitaler Histologiepräparate zu ermitteln.

Versuch 1: Einscannen von OT vor und nach Installation einer Mittelkonsole im Mikrotomiebereich zur Reduktion von Schmutz und statistische Auswertung der erhobenen Parameter. Versuch 2: Erneutes eindecken von OT (nach Abschluss der Diagnostik) mit Glas und Folie. Einscannen der OT und statistische Auswertung der erhobenen Parameter.

Die gezielte Umstrukturierung im Laborprozess führt zu einer Reduktion von OT-Kontaminationen. Dies bewirkt eine signifikante Reduktion der Datenmenge und Scanzeit von digitalisierten Schnitten. Folie als Eindeckmaterial verursacht im Gegensatz zu Glas weniger Prozessfehler im weiteren Verlauf. Nach unseren Schätzungen führt dies zu deutlichen Kosteneinsparungen.

Figures